Ngày 17 tháng 2 năm 1859, liên quân Pháp-Tây Ban Nha do Phó Đô đốc Rigault de Genouilly chỉ huy đã tấn công và chiếm đóng thành Gia Định sau trận chiến kéo dài. Lực lượng triều đình nhà Nguyễn do Vũ Trọng Bình chỉ huy không thể chống trả được hỏa lực vượt trội của quân xâm lược, buộc phải tháo lui.
Bối cảnh dẫn đến cuộc tấn công này là chính sách bành trướng thuộc địa của Đế quốc Pháp tại châu Á trong thế kỷ 19. Sau khi đã can thiệp vào Đà Nẵng năm 1858 không thành công, Genouilly quyết định chuyển hướng vào Nam, nơi có cảng sông thuận lợi và phòng thủ yếu hơn. Gia Định nằm ở vị trí chiến lược trên sông Sài Gòn, là cửa ngõ vào vựa lúa đồng bằng sông Cửu Long.
Thành Gia Định thời điểm đó là công trình phòng thủ theo kiểu Vauban (kiến trúc quân sự Pháp), được xây dựng từ thời Nguyễn Ánh. Mặc dù vậy, với hạm đội tàu hơi nước, đại bác tầm xa và quân số đông đảo, liên quân Pháp-Tây Ban Nha đã phá hủy hoàn toàn thành lũy sau vài giờ giao chiến. Ngay sau khi chiếm thành, quân Pháp tiến hành đập phá tường thành và bắt đầu quy hoạch đô thị theo kiểu châu Âu.
Sự kiện chiếm thành Gia Định năm 1859 là bước ngoặt bi thảm trong lịch sử Sài Gòn — Gia Định. Nó đánh dấu sự khởi đầu của gần một thế kỷ đô hộ của thực dân Pháp, dẫn đến việc Nam Kỳ trở thành thuộc địa Pháp năm 1862, rồi Trung và Bắc Kỳ cũng lần lượt mất vào tay Pháp. Chính trong giai đoạn này, Sài Gòn được Pháp quy hoạch lại thành "Hòn ngọc Viễn Đông" với các đại lộ, công trình kiến trúc Tân cổ điển còn tồn tại đến ngày nay.
Phong trào kháng chiến của nhân dân Nam Kỳ nổ ra ngay sau đó. Các lãnh tụ như Trương Định (1820–1864) kiên quyết không chịu bãi binh dù triều đình đã ký Hòa ước Nhâm Tuất 1862. Nguyễn Trung Trực (1838–1868) nổi tiếng với câu nói lịch sử: "Bao giờ người Tây nhổ hết cỏ nước Nam, thì mới hết người Nam đánh Tây." Tinh thần kháng chiến này trở thành nguồn cảm hứng cho phong trào yêu nước suốt hơn 80 năm tiếp theo.